Dimasa penjajahan yang masih sangat kental dengan istilah-istilah Belanda sekolah dasar sering disebut dengan Lagere school. SD Santa Maria berdiri bersamaan dengan frosbelschool (Taman Kanak-kanak).

Pasca kemerdekaan ditahun 1945-1949 para suster berjuang untuk memperbaiki fasilitas sekolah dalam krisis tenaga pendidik yang terus berkurang , banyak suster yang sakit dan meninggal dikamp-kamp tawanan kembali untuk memulihkan diri. Di tahun 1950 sekolah kembali normal Sr. Paulo Soeromartana menjadi pemimpin yang mengutamakan pembentukan karakter siswa diusia muda. Di tahun 1991-1994 Sr. Elly Rita Wijaya memimpin dengan berfokus membawa arah pendidikan dengan mengimplementasikan kurikulum  CBSA (Cara Belajar Siswa Aktif)

Pada tahun 1994-2004 kepemimpinan selanjutnya dipimpin oleh sr. Alexis Soedibyo SD berkembang dengan berbagai metode belajar guru dapat berkreasi demi memperkaya wawasan siswa dalam menyerap ilmu pengetahuan. Tahun 2004- 2009 SD Santa Maria dipimpin oleh Sr. Biastuti Sukadi yang berfokus pada pembentukan kemandirian siswa. 2009-2014 SD dipimpin oleh suster Catharina Siti Margiyati yang melanjutkan pendekatan kebijakan pemerintah  dengan diberlakukannya KTSP (Kurikulum Tingkat Satuan Pendidikan). Tahun 2014 SD santa MAria dijabat oleh oleh awam  Ibu Bernadetta Marita Tanaga membenahi gaya dan metode pembelajaran yang lebih menarik anak-anak dapat bereksperimen juga dalam pengembangan keterampilan minat dan bakat yang dimiliki oleh siswa.

SD Santa Maria kini dipimpin kembali oleh biarawati yaitu oleh Sr. Erna Veneranda Gai , OSU

VISI:

“Komunitas pembelajaran yang kritis,kreatif dan,inovatif, dalam mengintegrasikan iman dan nilai – nilai kemanusiaan seturut semangat Santa Angela”.

MISI:

1. Menyelenggarakan pendidikan yang berkwalitas dan terpadu serta menyiapkan peserta didik ke jenjang yang lebih tinggi.
2. Mengembangkan potensi dan ketrampilan secara kritis , kreatif dan inovatif dengan memanfaatkan ilmu pengetahuan dan teknologi secara optimal.
3. Menanamkan semangat Santa Angela pada setiap pribadi agar dapat hidup sesuai dengan perkembangan jaman.
4. Mengintegrasikan ilmu , Iman dan nilai – nilai kemanusiaan serta menjawab tantangan jaman dan mewujudkan Serviam dalam kehidupan sehari – hari.
5. Menanamkan cinta pada budaya , bangsa dan tanah air Indonesia dengan menghargai kebhinekaan dalam budaya dan agama.
6. Mengembangkan kepedulian terhadap sesama dan alam ciptaan.
7. Meningkatkan kerjasama dengan sesama sekolah Ursulin di Indonesia , di tingkat Asia Pasifik maupun dunia , dengan ikut ambil bagian dalam pertemuan – pertemuan ditingkat Nasional maupun Internasional.